Journalisten Anita Sethi träffade prinsen under ett möte och blev chockad över vad hon fick höra.
LÄS MER: Glädjebeskedet: "Estelle blir storasyster igen"
När Charles frågade skribenten var hon var ifrån blev svaret "Manchester" innan han förvånat utbrast.
– Jasså, det ser inte ut så!
Journalisten menar att prins Charles kommentar är rasistisk, rapporterar People.
Anita Sethi rapporterar om mötet i den ansedda tidningen The Guardian.
LÄS MER: Aviciis okända kärleksbarn
– Att ledaren för en organisation som representerar en tredjedel av människorna på vår planet kommenterade att jag, en svart kvinna, inte ser ut som om jag är från en stad i England är chockerande, skriver hon och och fortsätter:
– Det här är exakt varför vissa människor, inklusive prinsen, brådskande behöver en lektion om immigration, det brittiska imperiet, Samväldet och kolonialism.
– Så hur ser en brittisk person ut? En brittisk person kan se ut som mig. En britt kan ha svart eller brunt skin. Inte bara vitt och fortfarande vara brittisk.
LÄS MER: Exklusivt: Aviciis sista samtal med familjen
Anita Sethi menar att prins Charles har diskvalificerat sig som både ledare för Samväldet och tronföljare.
– Vi behöver skippa en generation så prins Charles inte blir kung av England eller ledare för Samväldet och ge det förtroendet till ledare som är mer upplysta.
Clarence House har inte kommenterat anklagelserna.
LÄS MER: Systerns gripande kamp för Avicii
LÄS MER: Madeleine avsäger prinsess-titeln
LÄS MER: Victoria äcklad av kungens älskarinna
Det pinsamma dramat ägde rum bara några timmar efter att det stod klart att prins Charles, 69, ska bli nästa ledare för Samväldet efter drottning Elizabeth, 92.